E.U.联盟和布里塔利亚帝国旷日耐久的战争在皇历2010年发作转机，帝国派出压倒性的兵力突袭远东日。在很短的时间内，日本这个国度不复存在，从此作为“11区”写入历史。旧日自己民流往世界各地，饱受歧视，心中满是愤懑和不甘。2017年，E.U.联军132部队向圣彼得堡挺进，但遭到帝国军队的围困，面临全军覆没的风险。联军少校蕾拉·玛露卡尔（坂本真绫 配音）将旧日本青年组成非正轨军W Zero部队，并提出以这支部队营救132部队的建议。但是在最为凶险的前线，他们不过肩负着牺牲自己来营救友军的悲痛命运。惨烈的对决事前，W Zero部队的中尉日向瑛斗（入野自在 配音）成功完成义务。 　　而战争还远远不曾终了，新的阴谋与危机浮出水面……