乌黑的夜晚，一名特务悄然潜入日本警方某机构，盗走了记载着各国谍报机构重要数据的绝密文件。日本警方和FBI探员赤井秀一立刻与特务展开追逐。最后，逃亡者的车辆坠落悬崖。第二天，柯南和同伴们离开东都水族馆观光，结果发现一名受伤的美丽女子。该女子处于失忆形状，身上的手机也破损无法运用。柯南等人容许要帮她恢复记忆，当他们众说纷纭之际，藏在暗处的黑衣组织成员贝尔摩德冷冷地注视着这一切。在相处进程中，女子特殊的身手和奇异的言行举止让灰原哀对其真实身份发生疑心。 \r\n刚刚还一派祥和的水族馆，沉溺在快乐之中的人们，基本不会想到随着那名奥秘女子记忆的恢复，自己马上就要被卷入黑暗组织的屠戮和混乱之中……