约在三千万年以前，人类处于超现代文明时期，守护人类的巨人们发作内战，原是地球最强的黑暗战士迪迦在受幽怜的感动后选择成为光之战士，使其黑暗力气长眠。奇杰拉花朵怒放，人们全部都堕入了因奇杰拉的花粉而发生的幻觉，以为已不再需求巨人。光之巨人不无能涉人类的选择，于是巨人把自己战役的躯体隐藏在金字塔后，化作光分开了地球。邪神加坦杰厄带着消灭的黑暗来临，超现代文明消灭。21世纪初期，地球不再有侵略和战争，人类期盼已久的战争终于到来了。地球防卫军（UNDF）也因此完成了历史使命，TPC( 地球战争结合组织) 成立，人类迎来了新的时代。但是，如超现代警卫团团长幽怜所预言："哥尔赞"及"美尔巴"出现了。在怪兽攻击的目的——金字塔内，发现了3座庞大的石像。2座巨石像被怪兽摧毁！在这紧要关头，由于承袭了超现代战士的基因，大古和金字塔的迪迦石像结合在了一同，并融身于剩下的石像内。由此，迪迦清醒了！