工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次清查黑衣人立功团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常协助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少特务武器。为了防止立功团伙对他停止报复，新一决议隐姓埋名，暗中清查他们，希望能失掉解药。一日，新一的女友毛利兰离开了阿笠博士的家寻觅男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下假造了自己名叫江户川柯南，随后柯南旅居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一同四出办案一同清查黑夜人的下落。柯南在小学看法步美等小先生，他们一同组织了一个少年侦探对，向罪犯宣战！